ผมทดสอบกับ
MiKTeX Portable 2.9.5105 ก็พบปัญหาเดียวกันครับ คงมีการปรับเปลี่ยนเรื่องภาษาไทยบางอย่าง จากงานของคุณ
Theppitak
หากเปลี่ยนมาใช้เวอร์ชันที่เก่ากว่าเช่น
MiKTeX Portable 2.9.4757 จะไม่พบปัญหานี้กับ SIPA Fonts แต่ฟอนต์ Norasi ที่ใช้ใน MiKTeX ยุคแรกจะพบกับปัญหาวรรณยุกต์ลอย แทน
MiKTeX Portable 2.9.4757 จะแถม Package fontspec ตัวเก่ามาให้นะครับ ใช้กับภาษาไทยแล้วจะพบปัญหามากมาย หลังจากติดตั้งแล้วให้รัน MikTeX Package Manager เพื่อ Uninstall fontspec ตัวเก่าออกไปก่อน แล้วค่อย Install Package fontspec ตัวใหม่กลับเข้ามาอีกครั้ง